記者出身的馬軍，在香港南華早報採訪環境新聞近十年，期間著有「中國水危機」一書，分析中國七大流域的水資源問題。2004年至耶魯大學研究後，馬軍認為中國要推動改善環境，必須透過資訊公開，確保公民知情權，他於2006年創立「公眾環境研究中心」，建立水污染數據庫，並公布「水污染地圖」。
讓馬軍一戰成名的，是2011年的「毒蘋果事件」。公眾環境研究中心、自然之友及達爾問等中國民間環保組織，針對資訊科技產業對環境造成的危害進行調查，發布了「蘋果的另一面」調查報告與影片，指出蘋果違反了自己的供應商行為準則，放任供應商污染環境與毒害工人。
一些例子，包括蘇州聯建科技的正己烷中毒案。廠方要求員工以正己烷擦拭手機螢幕，但有機溶劑在封閉的工作環境持續揮發並累積，導致137名員工慢性中毒，引起多發性神經炎。此外，負責供應電路板原料的生益電子，危險廢物量名列東莞市第一，做觸控面板的南玻集團，則排放超標廢氣。
供應商污染引起國際媒體矚目，讓一向高姿態的蘋果也不得不正視，主動把馬軍找來溝通。「那時候我們到加州Cupertino的蘋果總部，跟蘋果高層坐下來開了五個小時的會，」馬軍說，「他們原本非常質疑我們的報告可信度。」但他拿出兩年的調查成果，以及歷年蒐集六萬家污染企業的資料庫，讓蘋果當場心服口服。
原本把供應商視為機密的蘋果，首度在2011年底公佈了156家供應商名單，並向環保團體承諾，開放部分供應商接受檢測，一旦發現污染，將立即敦促整頓改善。
「對於愛惜羽毛的大品牌來說，他們的形象有很高的價值，也重視消費者意見，不會容許供應商污染環境，」馬軍說，他們能做的，就是要求企業把排放資訊即時上網，全民也能以手機即時拍照定位，加入監測行列，以消費者的力量敦促大品牌確保「綠色供應鏈」。
2007年開始，包括IPE在內的中國21家環保團體組成「綠色選擇聯盟」，目的是以綠色消費拉動綠色生產，提倡以環境知情權為基礎，從消費者的選擇出發，要求企業公開承諾，不用污染企業作為供應商。
這些要求已經產生改變。馬軍說，目前中國已經有至少1600家企業承諾整頓污染。原本有一家蘋果供應商排放廢水，導致附近湖泊底泥重金屬嚴重超標，當蘋果改變採購準則，強力要求供應商重視環保時，供應商再怎麼不願意，也得砸大錢整改，把整個湖的汙泥吸出來再處理。
「我們尊重企業對社會的貢獻，只是企業有兼顧環境保護的責任，任何企業都沒有權力把經營成本外部化，污染環境以增加自身利益，」馬軍說。
馬軍同時指出，台資企業在中國大陸佈局資通訊供應鏈者中，兩岸應該有機會攜手合作，共同推動綠色供應鏈。
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