2011到2012年，我擔任行政院科技政委與國科會主委，與當時的中央研究院院長翁啟惠，曾經對「公務／研教分軌」，做過一些努力。中華民國建國以來，都是將公立大學教授與中央研究院研究人員視為「公務員」，薪水比照、轉任年資互通、退休俸給一體適用。這個制度在早年沒有什麼問題，但是在最近二十年，卻顯然需要改變。
公務人員與公立大學的教研人員最大的不同是：大學的教學研究涉及國際評比，故優秀的教研人才薪資是「開國際標」的，但公務人員的制式俸給卻完全沒有彈性。因此，公立大學很難在開國際標的環境下與國外教研機構競爭。這非常不利於台灣的人才延攬。
提升台灣人才吸引力
在概念上，要提升台灣學研機構對國際優秀人才的吸引力，就要對這些優秀教研人才加薪。但在公務人員一體的框架下很難執行。
其一，國家很難對「頂大」教授加薪，但是對「非頂大」教授不加薪。國家這樣大小眼，鐵定會引發政治風暴。
其二，即使在頂大之內，有人才也有庸才。但是政府不能說「某甲是人才，加薪十萬；某乙不是人才，加薪五 千。」人與人之間的差別待遇，絕對不適合由政府決定。
面對以上兩個問題，翁院長與我的處理是這樣的：我們把國科會研究計劃撥給大學的管理費增加二%，指定用於「教授彈性薪資」。由於研究優異的大學研究計劃多、管理費也多、得到政府補助的彈性薪資預算就多。這樣，就把頂大與普通大學給區分開來了。
大學彈薪預算之多寡，繫於其研究計劃之多寡，外界難以置喙。至於在各大學之內要如何分配彈薪預算，由各大學自行決定。這樣，政府也就避開了「官定九品中正」之譏。
大致說來，公務人員與教研人員制度共軌近百年，盤根錯節株連甚廣，現在已經不可能完全分開了。「公務／研教分軌」，就只能做到彈性薪資了。
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