臺灣養殖漁業區多位於沿海地區，地面坡度平緩及位處低窪區域，為減少災害對養殖區的影響，除積極投入公共建設外，亦逐步建立事前防災、減災觀念，並綜合軟、硬體建設，以減輕災害損失。
據此，漁業署推動行政院「流域綜合治理計畫」及「縣市管河川及區域排水整體改善計畫」之水產養殖排水改善策略，共計投入逾39億元，協助各縣市政府改善養殖區生產環境，提高排水路蓄淹排洪能力，縮短颱風豪雨期間養殖區的積水時間。
配合水利署進行流域整體治理，營造優良漁業生產環境
漁業署王正芳代理署長指出，「養殖區多位於沿海地區，區內排水路多位於河川及區域排水流域末端，肩負排洪入海重大責任，需積極配合各部會共同治水，營造優質產業環境。」
以往排水治理囿於人力、預算、地方民意及地質條件等因素，僅能以點狀或線狀模式推動治理工程，惟因應近年氣候變遷衝擊，各單位積極檢討朝面狀模式，將山坡地及流域上、中、下游進行總體治理，同時納入土地管理手段，並檢討生態檢核機制及對土地較低衝擊性工法，以加強國土防護保育。而養殖漁業區多位於各河川排水系統之下游地區，受限於保護標準未全面提升及地區排水條件不足，若有短時強降雨或颱風侵襲，極易造成養殖漁業生產區及魚塭集中區積水，故在工程措施方面，排水防護設施及非工程治理措施須相輔相成納入辦理。
我國養殖多集中於中、南部等縣市，茲舉嘉義縣、高雄市及屏東縣為例。嘉義縣主要以虱目魚、文蛤、七星鱸魚、吳郭魚、白蝦為大宗，112年養殖年產量達4萬6,027公噸，產值達47億元，養殖魚塭多位於沿海低地處，往年極易受颱風豪雨侵襲積水，近期漁業署與縣政府、鄉鎮公所、養殖協會等漁民團體共同合作，持續辦理養殖排水路計5,120公尺及周邊設施改善，汛期豪雨積水情形多有消減，於113年7月凱米颱風及10月山陀兒颱風中發揮保護效果，縮短積水時間，養殖區無積水災情，保全產業經營。
高雄市主要以養殖虱目魚、石斑魚等為主，112年養殖年產量約為2萬9,742公噸，產值約37億元，養殖魚塭多位於沿海地區，往年易受洪災影響造成漁損，經漁業署與有關單位通力合作治理水患，投入改善計約3,393公尺排水路，養殖災損逐年減輕，今年7月凱米颱風及10月山陀兒颱風亦無嚴重災損，足見養殖區防治成效彰顯。
屏東縣則以養殖金目鱸、石斑魚等為主，112年養殖年產量約為3萬924公噸，產值約77億元，養殖魚塭多位於佳冬及枋寮鄉沿海一帶，因地勢較低，多受洪災影響造成漁損，經漁業署與有關單位通力合作，目前相關排水路工程均依進度推動中，另塭豐海水統籌供應系統在颱風時持續穩定提供養殖潔淨用水，改善以往颱風期間養殖戶必須維修管路及抽水系統的困擾，近期颱風（凱米、山陀兒）來襲亦無嚴重災損，治理已逐見成效。
輔導建立防災自主管理及演練工作，利用科技網絡通報減輕災害損失
漁業署王正芳代理署長指出，「近十年來全球資訊科技發展日新月異，AI人工智能、智慧手機運用及網絡資訊傳遞與生活緊密連結，漁業署運用資訊科技，與各縣市養殖團體及漁民建立橫向預警防災網絡，架構雲端養殖區自主防災機制。」
除前述由政府單位投入經費辦理養殖區排水路等硬體公共設施改善外，位於養殖區內的漁民，亦成為颱洪防衛、守護漁業首要功臣。近年漁業署持續規劃及投入經費、人力，訓練漁民推動自發性防洪救災工作，聘請相關氣象專家、業界、學者教授網路防災資訊運用及災洪警備演練，藉由漁民於颱風豪雨期間自主性執行預先排水、閘門適時啟閉、排水路抽排、災情通報及防災地圖建置運用等，提高自身防災意識，即時採取緊急應變作為，保障產業安全。
漁業署目前於宜蘭縣、新竹縣、彰化縣、雲林縣、嘉義縣、臺南市、高雄市、屏東縣及花蓮縣等縣市持續建置自主防災區，於每年定期輔導漁民辦理防洪操作、應變演練、教學觀摩、養殖區內排水路淤積調查及清淤等活動，另與交通部氣象署合作建置農業與養殖漁業生產區客製化氣象預報服務點位，並於颱洪期間利用LINE群組及氣象APP掌握颱風動向，配置人員啟閉水門及提報移動式抽水機調度需求，即時回報地區積水情形，以利政府單位即時投入人力及機具調度救災。
臺灣養殖漁業技術經過數十年精進獨步全球，廣受各國青睞並來臺取經交流，惟因氣候變遷颱風頻繁，相關防護及因應作為仍是未來產業發展重要工作。故漁業署持續與水利署等單位合作推動治水，結合水利署第三代淹水潛勢圖層系統，預測淹水熱點，投入治理經費改善，面對未來瞬息萬變的氣候，以及短延時強降雨侵襲，藉由良善區域整合排水改善，提高蓄淹排洪能力，以減輕養殖漁業災損。
另輔導養殖區內漁民自主性洪災防護，更是漁業署近年推動重點工作之一。藉由組織漁民共同巡防、排水監測及水門運轉操作等，落實防災工作演練；並在颱風期間，透過氣象APP及各地LINE防災通報群組機制，即時掌握災情損害，配合中央地方共同合作救災搶險。在漁業署、各縣市政府、漁民及有關專業單位的共同努力下，提升養殖區面對極端氣候的防護能力，以照護漁家經濟發展，穩定我國養殖產業的永續經營。
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