他在二○○二年自芝加哥大學博士畢業回台大任教，○七年升上副教授，三年後以台大最快的速度升上教授。更囊括國內頒給年輕學者最重要的兩座獎項：中研院年輕學者研究著作獎，國科會吳大猷先生紀念獎。
前經建會主委、台大經濟系教授陳添枝一被問起國內有哪幾位優秀的年輕學者，腦海馬上浮現的就是他的名字。
看似血統純正的學院派經濟學家，林明仁骨子裡卻有著勇於向傳統挑戰的頑童性格。
家裡因為爺爺在二二八事件入獄，並不希望他念社會科學，而是去當一名工程師。上了台大農工系之後，他看到「四人幫」的經濟學課本竟能用一套套理論去解釋各種人與人之間的問題，讓他非常著迷。因此違背家人期望，參加轉學考到經濟系。
他曾在《天下雜誌》發表專欄，告訴年輕人，不要相信老一輩灌輸的一代不如一代的觀點。他笑著說，自己年輕時也是這樣被驚嚇到大。並用經濟學的觀點解釋，資深前輩要告訴年輕人自己所學的技能有多重要，是因為害怕自己所學面臨快速折舊。
代表作〈亞洲消失的女嬰到哪去了？〉更是勇於挑戰他的指導老師—另一位經濟頑童，《蘋果橘子經濟學》作者史帝文．李維特（Steven D. Levitt）。
這篇文章起源是兩位諾貝爾獎得主的爭論。經濟學獎得主沈恩（Sen）認為是因為性別歧視，才導致女嬰被人為篩選掉。而醫學獎得主布隆伯格（Blumberg）則認為主因是亞洲母親有Ｂ肝比例較高，而Ｂ肝母親生男機率遠高於一般母親。
布隆伯格的研究激發一位哈佛博士生奧斯特（Emily Oster）的興趣，並將他的研究成果發表在李維特擔任編輯委員的《政治經濟學期刊》上。這項研究讓李維特大為讚賞，甚至讓這篇論文用前所未有的審查速度刊登。
雖然是恩師讚賞的作品，但林明仁感覺不對勁。透過前衛生署長陳建仁提供寶貴的台灣生母資料，後來證實台灣母親在前兩胎的男女比例在正常範圍，到第三胎「人擇」的介入愈明顯，讓男嬰比例急遽升高。
這項研究成果發表在國際四大經濟學期刊《美國經濟評論》，也釐清兩大諾貝爾獎得主的爭論。
林明仁的博士論文也是來自對社會的反抗。大學時參加野百合運動，希望政治改革，林明仁在中正紀念堂遇到一位西裝筆挺的白領中產，「為什麼要把社會弄這麼亂？」
林明仁到了芝加哥後，就以民主國家與社會治安為主題寫了他的博士論文，證實民主的確會增加社會的小型犯罪，但對於大型犯罪，反而因投入更多社會資源改善。
自稱是人來瘋的林明仁，展現了學術實力的高度後，現在開始準備以經濟工具，做出更有影響力的研究。
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