就在最低稅負制實行前夕，台積電創始大股東台灣飛利浦建元公司，將手中持有的鉅額股票，全數轉予荷蘭母公司。創下一千兩百億台幣單筆歷史成交量的同時，也引發賦稅公平與投資誘因孰輕孰重的爭議。
根據台灣飛利浦公關資深經理洪悅容指出，台灣飛利浦建元將台積電股票全數轉給荷蘭母公司，主要是因為企業集團發展的策略，分成半導體、行動通訊、數位家庭、汽車與識別部門等四個核心事業。而台積電屬於半導體事業部的投資，此次股權移轉是由母公司籌劃。
致遠會計師事務所會計師呂旭明指出，最低稅負制是使原本就有移轉股權計劃提前實現的觸媒。二○○六年一月一日最低稅負制實施之後，營利事業的證券交易所得都要加回基本所得額課徵一○％的營利事業所得稅。如果在二○○五年十二月三十一日前的交易所得，則可以依現有稅法規定，享有免徵所得稅的優惠。
就財政部稅收而言並沒有損失，國庫反而可以提前進帳（證券交易稅）。扣除原始成本，台灣飛利浦建元帳面上鉅額盈餘（因為飛利浦建元為創始股東、持有成本多為原始募股之成本），如果不分配，將根據兩稅合一的規定加徵一○％之未分配盈餘所得稅。如果分配，匯回荷蘭的部份，也將按中荷租稅協定扣繳一○％的股利所得稅。估計將有八、九十億台幣之多。
相較飛利浦的個案，最低稅負制影響最大的要屬台積電、聯電等廣泛適用促產優惠（包括五年免稅及投資抵減）的科技業，以及員工分紅配股比例高、股價好的上市櫃公司高階經理人。
以二○○四年為例，台積電獲利九百多億，但是繳稅額三億多，實質稅負不及一％。如果改採最低稅負，至少要多繳九十億的稅，自然影響獲利。
就個人部份而言，目前的員工分紅配股是按票面課徵所得稅。實施最低稅負制後，將按市價減去面額加回基本所得額課徵二○％的所得稅，也讓證券交易所得稅藉最低稅負制還魂。
當年主導飛利浦投資台積電的前飛利浦全球執行副總裁羅益強指出，賦稅公平固然重要，塑造具有吸引力的投資環境才是根本。資金總往獲利高的地方走，證券交易所得免稅多年的優惠，仍抵不住台灣資本市場本益比下跌的趨勢，二○○五年，台資企業到外地上市的家數遠大於台北上市就是明證。事件本身就是一個值得重視的訊號；領導人不能再忽視台灣投資環境惡化的急迫性。
一位證券高階首長指出，飛利浦建元是在台灣設立的公司，受到大陸投資的限制（投資金額在淨值五十億最高為四○％、五十億到一百億最高為三○％、一百億以上最高為二○％），轉到海外，自然投資空間就不受限。他指出，飛利浦深悉國際資源運作與配置；台積電的股權移轉，不應只從租稅的角度著眼，應該做為台灣資本市場邊緣化的警訊。
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