二○○一年，是日本高等教育的改革元年。
在前日本首相小泉純一郎高舉的結構改革大旗下，文部科學省也揭示「不進行大學的構造改革，就沒有日本的發展與再生」，提出三大基本方針：
一、國立大學的整編、合併
包括單科系大學和綜合大學、師範學校之間以及跨縣大學的合併等，以「Scrap and Build」（廢棄與重建）的手法，削減林立過多的九十九所國立大學。
日本教育雜誌《Between》報導指出，合併的最大目的，在於⑴強化教育研究體制，發揮合併前各大學的特色，創造新的學際領域。例如，在二○○二年合併的山梨大學和山梨醫科大學，醫學院和工學院聯合設立新的研究所，如人類健康保健及人類環境醫工學。
⑵提高行政效率，合併前各校分別設置的總務課、教務課和會計課等事務組織能合併設立。
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