這次台大校長遴選，除了候選人數最多，候選人背景最多元之外，就連遴選制度也有新的變革。
台大的校長遴選制度，在實質上已經改了又改。從過去官派舉薦，到後來改由校內普選，教育部圈選決定。
直到2013年，《大學法》和《國立臺灣大學組織規程》修訂後，台大首次採用新制，由台大與教育部共同組成遴選委員會，改由遴選委員會的21位委員票選。原先兩階段改為一階段，遴選委員投票結果直接生效，不須經過教育部最終圈選。
那一次，由前台大校長楊泮池當選。
制度變變變
台大目前所採用是選出楊泮池之後，再度修改的新遴選制度。
要成為台大校長，要過五關斬六將。先有人推薦，本人也同意被推薦後，進入第一關資格審查，再來是由遴選委員和候選人身邊的相關人士做訪談，第三關是11月27日舉行的治校理念說明會，由所有候選人以兩兩編組方式，在5天內各以40分鐘說明自己的治校理念，並公開在網站上供校內外關心者瀏覽點擊。
治校理念說明會結束後，就是遴選委員和候選人的面談。在面談結束後，再由校務會議推薦投票，只要票數超過三分之一的門檻，就會進入遴選委員會的投票階段。投票階段也從一次定生死，改變為2次投票，讓前2名的候選人進入最後一輪投票。
曾擔任上屆遴選委員的教授坦言，當時只投一次，他自己屬意的候選人卻沒出線，讓他感到相當懊惱。
熟悉遴選制度的人分析，投2次票的好處是避免綁票。因為只投一次票容易配票，但兩階段投票，讓第一階段的前2名進入決選，等於遴選委員只要覺得合適的人選就會投，讓進到最後決選的候選人較難操弄，不同派系出線的可能性更大。
但也有人對新制度的公平性存疑。台大化學系教授彭旭明分析，兩階段投票可能產生「換票聯盟」，不同派系會用利益交換的方式，換取自己派系的候選人一起進入最後階段。
不論最後是一階段或兩階段投票，有愈來愈多人認為台大校長的遴選制度應該徹底改變。許多校內資深教授認為，應該模仿美國大學校長遴選制度，保密候選人名單，等到進入最後投票階段再公布，保有對候選人的尊重，才有機會對全球徵才。
「如果在別的學校擔任校長，想來台大，結果名單被公開，讓他們原本服務單位感到尷尬，若是在台大校務會議被刷掉，對海外學者也很難堪，」彭旭明說。
公開候選人名單，無法全球徵才
交大前校長張俊彥強調，全球舉才的好處是，當國外一流大學的主管回到台灣，可以比較台灣跟美國的行政差異，將創新思考和制度帶回台灣。他也透露，遴選委員原本希望可以徵求到海外候選人，後來卻因為遴選制度而放棄。
但熟知台大內情的社科院資深教授則認為，名單若全部保密，會有更多黑箱與操弄空間，就像是地方派系互相綁樁，各派系可以塞進自己想要的人選。他會這樣說，也是因為過往的觀察。（延伸閱讀：掌握數百億資源 台大校長大位誰來坐？）
候選人成為各派系指派「代理人」的疑慮，讓遴選委員是否權責相符的議題浮上檯面。「有些人不是選校長，是來選副校長的，」台大社科院資深教授談起上屆選舉，他舉例，有些一起參選的候選人，最後還成為副校長，也有遴選委員在日後成為當選校長的行政主管。
國外制度是由長期董事會組成遴選小組，董事會要為選出來的校長負責，但是台大遴選委員會不同，選完了就解散，沒有人為出錯的校長負責。
有教授提出事後課責方式，在選出新校長後，將遴選委員在遴選過程中參與的狀態公開，讓各界監督遴選委員出席率、會議記錄，了解遴選委員詢問什麼樣的問題，接受各界檢驗，以避免黑箱作業。
「大學裡面什麼黑暗都有，校長選舉不能政治化啦！」張俊彥直白地抱怨，也點出台大校長遴選的關鍵所在。
這場攸關一年將近200億元預算的選戰，看來才正開始。
