記者出身的馬軍，在香港南華早報採訪環境新聞近十年，期間著有「中國水危機」一書，分析中國七大流域的水資源問題。2004年至耶魯大學研究後，馬軍認為中國要推動改善環境，必須透過資訊公開，確保公民知情權，他於2006年創立「公眾環境研究中心」，建立水污染數據庫，並公布「水污染地圖」。
讓馬軍一戰成名的，是2011年的「毒蘋果事件」。公眾環境研究中心、自然之友及達爾問等中國民間環保組織，針對資訊科技產業對環境造成的危害進行調查，發布了「蘋果的另一面」調查報告與影片，指出蘋果違反了自己的供應商行為準則，放任供應商污染環境與毒害工人。
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