正當台灣朝野為公投各自綁大選問題逐漸妥協的時候，大陸國台辦在六月十三日例行記者會上，針對公投主動發表了一篇事先準備好的聲明，為大選前的台灣政局和亞太地區國際關係，埋下了不安的變數。
這篇聲明使用近年罕見的嚴厲措辭，把執政黨「以台灣名義申請加入聯合國公投」，和「統獨公投」劃上等號。中共地位最高的媒體《人民日報》，隨即在頭版顯著位置，刊登了這篇聲明的全文。
中共過去曾經透過公開和私下的途徑，向台灣和國際發出警示，只要台灣進行「統獨公投」，兩岸關係勢必瀕臨嚴重衝突。國台辦最新的聲明，似乎暗示威脅正在潛伏。這篇反映中共高層觀點的聲明認為，陳總統加緊推動以台灣名義申請加入聯合國的公投，是走向台灣法理獨立的重要步驟，是一種「變相的統獨公投」。兩岸關係面臨嚴峻挑戰，台海和平面臨嚴重威脅。這一事態如果發展下去，必將嚴重衝擊兩岸關係和台灣人民利益，危及台海地區乃至亞太地區的和平穩定。
民進黨執政以來，兩岸雖然經歷過「一邊一國」、「廢止國統會和國統綱領」等風波，但兩岸關係能夠避免劍拔弩張，大致維持平靜，一方面出於美國等世界主要國家承諾嚴格遵行「一個中國」原則，不允許台海兩岸片面改變現狀；另一方面因為泛藍立委掌握國會多數，民進黨無法實行「法理台獨」。
中共可能料想不到，泛藍立委面臨大選壓力，在公投問題上，已難堅持到底。而中共一向認為，聯合國是只有主權國家才能加入的組織，「以台灣名義申請加入聯合國」如果順利通過，不啻於透過公民投票確認台灣是主權獨立的國家，國號就是台灣。這是中共當局絕不願意接受的狀況。
國台辦在聲明中還說，希望台灣民眾和國際社會「認清陳水扁當局推動舉辦這一公投的險惡用心和必將造成的嚴重危害」，這段話等於向國際社會發出訊息，希望美國政府和台灣的在野力量，對公投一事不要掉以輕心。
差不多就在國台辦發表聲明的同時，美國在台協會理事主席薄瑞光「恰巧」抵達台北，與陳水扁總統等台灣政治領袖會面，帶來美國對公投等相關問題的最新立場，要求台北慎重處理兩岸關係。
在此仲夏之時，台灣似乎已聞到一股硝煙味。
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