在營業祕密的保護上，企業有兩種做法。一種是法律措施，包含保密條款以及競業禁止條款，另一種是公司內部的管理。
公司內部管理可能是工作場所談話規定，也可能是研發團隊的安排。譬如，一項技術分成五部分，每個人負責不同的區塊，避免資訊過度集中，分散祕密風險。
企業經營很難做到百分之百監控。監控過於嚴密，做事綁手綁腳。因此，法律措施更加重要。
首先，企業要先確認要保護的機密是什麼，並且針對這項祕密可能會被洩漏的情況、設定管控流程。例如，哪份資料要哪種權限的人才可以看到。大部分的公司沒有設權限，一定權限以上的員工可以看到很多資訊，但這其實陷入一個迷思，並不是愈高階的員工就愈不會洩密。我建議權限分級制是一種較好的管理方式。
營業祕密的保護必須由三方做起，包含舊雇主、員工以及新雇主。保護營業祕密最終的目標，就是為了建立產業秩序。新舊雇主都要有共識，新雇主也會變成舊雇主。今天你拿了別人的營業祕密，等你成為舊雇主時，你的營業祕密也很有可能會被別人拿去。
一般而言，企業有幾種處理方式。譬如，一年讓員工上一次課，了解營業祕密是什麼、在自己的領域要怎麼保護，並讓他們有Q&A或部門諮商機會。這種安排也讓公司在日後營業祕密被盜用時，說服法官，確實已讓員工瞭解營業祕密的重要性。
關於營業祕密的法律手段有民事和刑事兩種，根據案件的證據還有類型，有不同交互運用的方式。
營業祕密案件的特色就是犯罪證據極難掌握，管道又多。員工可以拿走，不代表他可以給出去，要證明拿走已經很難，要證明給出去更難，何況是要證明競爭者確實拿來用。
雖然舉證很困難，但只要掌握一點點證據，就可以先跟檢察官提起告訴，說服檢察官案子有更多犯罪證據，對證據做保全動作。
可惜的是，台灣目前沒有一個強有力的制度，要求被告把所有可能成為證據的東西交出來。在蒐證制度不夠嚴密，也造成法律責任不夠強，產業秩序因此愈混亂。檢察官或法官應該在台灣的營業祕密案件判定時，不要過於同情離職員工，更應該要重視產業秩序的建立。
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