新冠病毒究竟是哪種動物傳染給人類，依然未知，但證據顯示，蝙蝠多少脫不了關係，即便不是病毒的直接來源，也可能曾扮演傳染窩。
2002年造成SARS爆發的病毒源頭，幾乎確定是蝙蝠，雖然病毒是透過果子狸傳人，但果子狸可能是被蹄鼻蝙蝠傳染。另一種冠狀病毒MERS的起源也被懷疑是蝙蝠，儘管是駱駝直接傳人。
蝙蝠也被視為傳染伊波拉和馬堡出血熱的禍首，吸血蝙蝠則以帶有狂犬病毒知名。
這或許不是巧合，有人因此猜想蝙蝠是否具有某些特質，鼓勵牠們體內的病毒演化成更容易跨越物種障礙、傳染給其他動物，但目前專家莫衷一是。
加州大學柏克萊分校學者布魯克（Cara Brook）不久前的實驗，支持這種看法。她指出，部份蝙蝠有不尋常的免疫系統，其中一種抗病毒程序「干擾素途徑」總是處於活躍狀態，可能因此加速病毒演化，使蝙蝠比起其他哺乳類動物，更可能成為致命病毒來源。
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