正當台灣朝野為公投各自綁大選問題逐漸妥協的時候，大陸國台辦在六月十三日例行記者會上，針對公投主動發表了一篇事先準備好的聲明，為大選前的台灣政局和亞太地區國際關係，埋下了不安的變數。
這篇聲明使用近年罕見的嚴厲措辭，把執政黨「以台灣名義申請加入聯合國公投」，和「統獨公投」劃上等號。中共地位最高的媒體《人民日報》，隨即在頭版顯著位置，刊登了這篇聲明的全文。
中共過去曾經透過公開和私下的途徑，向台灣和國際發出警示，只要台灣進行「統獨公投」，兩岸關係勢必瀕臨嚴重衝突。國台辦最新的聲明，似乎暗示威脅正在潛伏。這篇反映中共高層觀點的聲明認為，陳總統加緊推動以台灣名義申請加入聯合國的公投，是走向台灣法理獨立的重要步驟，是一種「變相的統獨公投」。兩岸關係面臨嚴峻挑戰，台海和平面臨嚴重威脅。這一事態如果發展下去，必將嚴重衝擊兩岸關係和台灣人民利益，危及台海地區乃至亞太地區的和平穩定。
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