自馬蕭團隊提出「全島自由貿易區」及「兩岸共同市場」主張以來，陳總統與民進黨總統候選人謝長廷先生，即不斷在公開場合進行批判，其中較嚴重者，如台灣將因此被矮化成大陸的「離島經濟特區」，而台灣勞工將大量失業等。由於事涉兩大政黨總統候選人及現任總統對未來台灣經濟前途的看法，故有其探討之必要。
「全島自由貿易區」主張，持平而論，對於主要貿易國不願與我簽訂自由貿易協定，致經濟面臨邊緣化壓力的台灣，不失為化被動為主動之可行建議。透過我國主動調降或取消關稅，所產生之貿易創造（trade creation）及貿易轉向（trade diversion）效果，吸引各國與我國形成更緊密的經貿連結，使台灣能更融入全球經濟體及國際化，來避免台灣經濟的邊緣化。
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