經過漫長的溝通協商，「藍白合」在總統大選登記截止日當天，正式宣告破局。11月24日上午，民眾黨主席柯文哲偕副手吳欣盈，國民黨提名人侯友宜與搭擋趙少康，分別前往中選會登記參選，挑戰已於21日完成登記的民進黨「賴蕭配」。
藍白合為什麼協商到最後一刻，依舊破局？
雙方對於是否依藍白6點協議決定正副手，沒有共識。
侯友宜堅持，藍白合協商基礎應該回到11月15日、雙方在前總統馬英九基金會簽下的6點協議內容，呼籲柯文哲遵守承諾，完成協議，以達成主流民意期待的政黨輪替；若對民調及計分方式認知不同，應另再約時間討論，尋求最佳解決方式。
柯文哲則強調自己一直遵守6項協議，只是雙方對民調計分方式有爭議，若吵了一週仍沒辦法解決，要解決問題，就要把這一頁翻過去。他也認為，要呼應民意要求，實現政黨輪替，就要組成最強勝選組合；所謂在野整合，也不是只有藍白合，應團結一切可團結力量。
藍白關係會出現新變化嗎？
「吵架是讓板塊從模糊到清晰的催化劑，」銘傳大學廣電系副教授杜聖聰分析，經過長時間協商交手，侯友宜與柯文哲支持者都將更為凝聚，藍營基本盤會認定柯只想做「無本生意」，柯文哲鐵粉則會認為侯明明民調落後，卻想用政黨力量「大吃小」。
當雙方支持者各自歸隊之後，原本界線模糊的反綠勢力，反而會轉為涇渭分明的藍、白政治板塊，形成真正的三足鼎立狀態。
東海大學政治系教授沈有忠則認為，藍白協商破局，對國民黨的影響不大，柯文哲卻受到內傷。侯友宜在請出韓國瑜擔任不分區立委第一名、趙少康擔任副手以後，有助於保住基本盤、降低在總統大選遭棄保的可能性，並且守住一定國會席次。
反觀過去一個月的密集協商，會讓年輕、中間選民會對於柯文哲感到失望，不僅影響總統支持率，甚至連預計上看10席的不分區席次都可能下修。未來就看擅長空戰的柯文哲能拋出什麼議題，重新找回中間選民支持。
棄保會發生嗎？決定選戰勝負的關鍵是什麼？
沈有忠分析，三足鼎立的結構當然對民進黨較為有利，但賴蕭配在藍白合熱議期間曝光度明顯下降，未來仍要展現論述能力，並且激發民進黨潛在支持者熱情，才能順利過關。
藍白陣營想勝出的關鍵則是誰能在選戰最後關頭，取得民調10％以上領先，證明第三名沒機會，一口氣吸納非綠陣營選票彎道超車。因此藍白未來可能由互不攻擊轉為正面交鋒，例如11月23日柯文哲評論侯友宜是「找保母」，就有質疑侯友宜治國能力的意涵。
杜聖聰指出，當「一大（綠）兩中（藍、白）」的清晰政治版圖成形以後，決定選戰的關鍵就是無法剛性結合的非綠陣營選民，能否在選戰後期自發性起動「柔性棄保」，主動將選票集中在較有機會擊敗賴清德的那組候選人身上。若柔性棄保沒有發生，賴清德將有極高機會高奏凱歌。
而他研判，決定柔性棄保會不會發生的關鍵，是三個陣營有沒有出現重大錯誤或道德爭議。如果民進黨執政團隊與「賴蕭配」犯錯，提高非綠選民仇恨值，即有可能驅動棄保；反觀侯友宜或柯文哲陣營出現難以弭平的負面事件，也可能讓既有支持者往另一陣營流動，影響選戰結果。
藍白不搭檔選總統，在立委選舉還會繼續合作嗎？
無論藍白6點協議，或是10月30日國民黨主席朱立倫與柯文哲政黨協商後的4點結論，都提到要在立委選舉上互相支援。杜聖聰認為，立委層級的藍白合仍有很大機會延續，因為兩陣營都還對拉攏對方選民懷抱希望，不會在選戰過程中徹底撕破臉；假使明年無法實現政黨輪替，兩個在野黨仍須合作監督政府，能否共同掌握國會過半席次，更具有極高戰略意義。
沈有忠也持正面態度，藍白在區域立委重複提名的選區不多，所以在多數選區都必須共同對抗民進黨候選人，況且未來兩黨很有可能會在立法院長選舉上合作，不會因為藍白合破局就連立委也撕破臉。
對此，柯文哲在完成參選登記後表示，雖然藍白在總統這局的合作沒談攏，仍有很多層面可以努力。尤其未來還有立法院這座戰場，在院長這一局「是一定要合作」。
