生醫界有部分人主張，世衛忽略了部分草藥的毒性，部分中藥的藥效也欠缺證據，而部分動物權人士指出這將進一步危及老虎、犀牛、穿山甲和熊的生命，因為部分中藥成份包含牠們的器官。
世衛發言人加薩瑞維克（Tarik Jasarevic）表示，傳統醫學診斷先前紀錄貧乏，納入全球醫學綱要有助於中醫的標準化發展。但他也說，這不代表世衛替中醫執醫的科學有效性或任何中藥的效用背書。
紐約石溪大學藥物科學教授葛羅曼（Dr. Arthur Grollman） 指出，中藥的效果，多數都未經證實，只有少數幾種中藥有用歐美西醫的相同做法，進行有系統的毒性或致癌性測試。
葛羅曼在研究中，審視常被用做藥物的馬兜鈴屬植物，發現可能致癌、造成腎衰竭。他2016年在《EMBO》期刊中寫道：「從公共衛生的角度來看，以傳統為依據的經驗研究，不該『凌駕』科學方法。」
倫敦大學學院藥學教授可庫洪（David Colquhoun）說，中藥有效的證據可說「微不足道」。他認為，部分研究發現中藥有少許效果，但在臨床上不夠顯著。
可庫洪也認為，中國藥學家屠呦呦以青蒿中提取的青蒿素治療瘧疾而獲獎的成功案例，只是例外。他認為直接以草藥形式使用中藥非常危險，除非像屠呦呦那樣把青蒿淨化到能控制劑量的程度才能發揮效果。
美國國家替代醫學研究中心（National Center for Complementary and Integrative Health）整理了目前中醫中藥效力的科學證據，指出：
‧針灸的效力：研究指出針灸會刺激身體釋放天然的止痛劑，影響大腦處理疼痛的區域，然而部分試驗指出真正的針灸和「偽針灸」有同等效果，也就是有安慰劑效應。
一部分研究發現，真正的針灸或許有助緩和某些類型的慢性疼痛，像是下背痛、頸痛、骨關節痛、膝蓋痛以及腕隧道症候群，也有助減緩緊張性疼痛頻率、預防偏頭痛。
‧中藥的效力：全國性調查顯示，有1/5美國人使用中藥。由於先前研究品質差強人意，並沒有堅實的證據能證明中藥的效力。
‧中藥與針灸的安全性：部分中藥發現過受到不明動植物、藥物、重金屬、殺蟲劑或亞硫酸鹽（可能導致氣喘或嚴重過敏反應）或不正確的草藥（可能導致器官毀損）汙染。
相對來說，幾乎沒有傳出使用針灸發生併發症，除非是未消毒的針或操作不當，後者可能導致嚴重副作用如感染、器官穿洞、氣胸、中央神經系統受到傷害。
