黑箱作業近兩年成為台灣的政治禁忌，任何行政立法程序，只要過程不是完全公開透明，就被判為黑箱作業，背後必有見不得人的鬼祟之事，人人可以捉鬼打鬼。
另一方面，台灣產學研圈子裡卻又十分流行保密協議，只要一方提供少許微不足道的資訊，都會要求對方簽署保密協議。
一邊要求絕對透明，一邊要求嚴守祕密，為什麼會有這樣的差異？
最簡單的解釋是，政治是眾人之事，本來就該攤在陽光之下，接受公眾的檢視；經濟乃是私人之事，牽涉到兩造或多方私人利益，資訊必須嚴加保護，以免受到侵害。
這樣公與私領域用不同的標準來規範揭露資訊的原則，當然有它的道理。
只不過，許多規範往往只能說明現象，卻不能根本解決問題。就好像一張「此地禁倒垃圾」的告示，只反映了有人常在該處亂倒垃圾，也許此地垃圾不見了，卻出現在另一個沒貼告示的地方。
政治運作確實不應該有黑箱作業，但不一定需要隨時、即時公開透明。就好像美國近兩年推行警察配備隨身照相機，記錄完整的執法過程，可是錄影不必即時監控，以免執法受到不必要的干擾。只要警察知道執法過程有完整紀錄，他自然會約束行為，未來如有爭端，一切以錄影為證。
另一方面，現代科技社會的資訊流通有如空氣，來自東西南北，流向四面八方。需要保護的不是「是什麼」（what），而是「如何」（how）。能知道彼此在開發哪些技術創新，有如在高速公路上開車，所有的駕駛人如果對前後左右車流狀況愈能掌握，公路上的行車愈安全，交通愈順暢。
在矽谷，需要簽訂保密協議的時候，多半已經到達需要深入了解「如何」的階段。
而一般創投的慣例仍然不簽保密協議，一則因為創新活力強，許多「如何」的技術機密大同小異，保密協議缺乏實質意義，再則創投界的行規是，未經允許，不得轉送資訊。
缺乏互信 一切免談
追根究柢，台灣民眾一方面要求公部門打開黑箱，另一方面私部門動輒簽署保密協議，顯示公私部門對於揭露資訊缺乏適當的「行規」，或是「行規」不受尊重，以致無法建立相互之間的信任，只好到處貼上「此地禁倒垃圾」的告示。
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