中科三期環評瑕疵所引發的爭議，透過法院一紙如同照妖鏡的裁定，反映出行政機關「依法而治」的觀念不足以及立法怠惰，是導致民眾不信任政府，打擊企業投資信心的原因。
台北高等行政法院日前裁定，環保署針對中科三期七星基地開發計劃所做的新環評審查結論，以及國科會據此所核發的新開發許可，在相關行政訴訟判決確定前，必須「停止執行」。不過，對台中后里居民聲請要求友達與旭能兩家公司在中科三期內的廠房停止運作，法院認為理由不充分，駁回居民的請求。
也就是說，中科三期的開發案依舊維持著所謂「停工不停產」的矛盾情形：中科管理局在園區的建設必須停止，但已進駐的廠商運作不受影響。
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