台新金併購彰銀牽扯出很多的問題，其中值得商榷的一項是在併購案中的利益衝突問題。通常在併購案中，出資的一方會先累積併購對象的股票，累積到一定程度後再行出手併購，也常常看到部份併購，併購方只購買對方的部份股權，再利用收集委託書的方式，達到控制併購對象的目的。這種方式會造成嚴重的利益衝突，利益衝突的來源來自併購方對於併購對象經營上的介入，為了簡單說明，姑且將出資購併的一方稱之為甲，而被購併的是乙。
如果甲方出資一次將乙方股票全數收購，不會有利益衝突的問題，或者甲方將乙公司當作投資對象，只是被動地擁有股票，而不介入經營，也不會有利益衝突的問題，問題就在於甲方又不一次買足又進入乙方董事會介入經營，如果甲方先購買部份乙方的股票，也介入董事會掌握經營權，這時甲方派到乙方的董事可以掌握經理人員，如果甲方有意繼續購併乙方，甲方當然希望股價愈低愈好，交易條件也對甲方愈有利，但相對的，這些做法都對乙方的股東或利益攸關者不利。因此甲方派在乙方的經營人員會有誘因打壓乙方的股價，當然可以利用提列壞帳，或提列存貨跌價損失來達到打壓又不傷害乙方經營的做法，下焉者甚至掏空乙方將利益回送到甲方，至少甲方派在乙方的經營人員不會好好經營乙方以降低未來併購乙方的成本．這是利益衝突之一。
如果甲方派駐乙方的經理人員真的好好經營乙方，讓乙方的業務蒸蒸日上，乙方的市值上揚，功勞是屬於乙方還是甲方的股東？甲方的股東可以主張如果這批經理人員為甲方所用，也會創造甲方的價值，現在派駐乙方，讓甲方損失運用這批經理人員的機會成本。因此甲方股東遭受損失，並不公平，更何況經營得法，乙方股票價格上漲，損害甲方未來併購的利益．這是利益衝突之二。
因此如果甲方以插旗漸進式的方式進行併購，不介入經營權則已，若介入經營權，一定產生利益衝突的問題。再加上國內特殊收集委託書的制度，少數股份的股東可以控制董事會，對於乙方的小股東保障甚少，但若甲方已握有一部份股權，不介入董事會如何保護本身利益？
渣打銀行併購新竹商銀就是國際通用的做法，不會產生如台新購併彰銀的利益衝突的問題．美國不會產生這種問題，因為美國不准法人董事，只有自然人董事，沒有甲方「派」駐乙方董事和經營者的問題。
我國併購在這幾年才蓬勃發展，實務和法令未盡完善，如果不處理好，小股東的利益又會加一層剝削。
作者為台大國企系教授
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